醫學院臨床醫學專業是醫學院創辦最早的專業，于1978年開始招生。該專業在聯合國世界衛生組織(WHO)注冊，畢業生可直接申請參加世界各國的臨床醫生執業注冊考試。約50%的學生來自香港、澳門、臺灣和海外華僑。30多年來臨床醫學專業培養出本科畢業生3000多人。近4年來我校臨床醫學專業的學生參加全國臨床醫學技能大賽3次榮獲3等獎，而且以張漢明、李展潤等為代表的畢業生已成為港澳地區杰出的醫學人才。近年來畢業生一次性就業率85%以上，除石牌校區本部班外，2010年本專業在附屬深圳醫院(深圳人民醫院)舉辦了深圳班，2011年又與廣東省第二人民醫院合作舉辦了省二醫班。

在建系初期，引進了一大批全國知名的專家和學者，如：羅潛、李楚杰、任邦哲、何凱宣、鄺公道、朱師晦、郁知非、張愛誠、李辰和黃愛廉等。經過多年的建設，目前已形成“學士-碩士-博士-博士后”完整的高等醫學人才培養體系和醫學科研體系。其中臨床醫學為一級學科博士點和專業學位博士點。三級甲等附屬醫院由1個也發展到了7個，且擁有3個省部級重點學科(病理學與病理生理學、眼科學、血液病學)、1個省部級重點實驗室(病理生理學實驗室)、2個國家重點專科和5個廣東省醫學特色?？?。2009年臨床醫學專業被評為教育部特色專業，2012年入選首批教育部和衛生部卓越醫生計劃。

臨床醫學系近幾年來引進了一批海內外高層次人才，下屬有9個基礎系(教研室)，教職工108人，其中教師系列具有博士學位的達90%以上，高級職稱達90%，有省級教學名師1人，南粵優秀教師2人。

現臨床醫學系有1門國家級精品課程，3門省級精品課程，12門校級精品課程。近3年獲973課題2項，863子課題1項，國家自然基金重大計劃培育項目1項，國家自然基金項目53項。被SCIE收錄的論文有271篇。主辦的國家級自然科學核心期刊—《中國病理生理雜志》，連續5年榮獲中國百種杰出學術期刊獎。2011年臨床醫學專業進入ESI領域全球排名1%的行列。