1．產生滅活酶耐藥菌可產生多種多樣滅活酶，改變藥物的結構，使藥物失去抗菌作用，滅活酶主要有2類。
(1)水解酶如肽酶，金黃色葡萄球菌對青霉素及頭孢菌素耐藥后，產生了裂解其結構中的β-內酰胺環的β-內酰胺酶。
(2)鈍化酶如乙酰轉移酶、核苷轉移酶和磷酸轉移酶等。
2．改變靶部位：抗菌藥物對細菌的原始作用靶點，稱為靶部位。
3．增加代謝拮抗物：磺胺藥與金黃色葡萄球菌接觸后，后者可使對氨基苯甲酸(PABA)的產量增加20～100倍，高濃度的PABA與磺胺藥競爭二氫蝶酸合酶時占優勢，從而使金黃色葡萄球菌產生抗藥性。
4．改變通透性：細菌通過各種途徑使藥物不易透過細菌細胞外膜進入菌體，而對抗菌藥物有天然屏障作用。
5．加強主動外排系統：大腸埃希菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、空腸彎曲桿菌等均有主動外排系統。
6．其他
(1)對氟喹諾酮類抗菌藥物產生耐藥的腸桿菌、假單胞菌等是由于拓撲異構酶Ⅱ的結構改變所致。
(2)對利福霉素類藥物產生耐藥的腸球菌、鏈球菌、腸桿菌、假單胞菌等是由于降低了RNA聚合酶的親和力。
(3)耐紅霉素的大腸埃希菌中都存在紅霉素酯酶，其能酯解紅霉素的大環內酯結構。
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