1、學術學位碩士研究生：以培養從事基礎理論或應用基礎理論研究人員為目標，側重于學術理論水平和實驗研究能力的培養，學生畢業時授予相應學科門類的學術型學位;在招生專業目錄中，專業代碼以“100”開頭的專業均培養此類型碩士研究生。學術學位研究生主要集中在含浦校區進行培養。
2、專業學位碩士研究生：以培養高級醫學應用型人才為目標，側重于從事醫學實踐工作能力的培養，學生畢業時授予專業學位，在招生專業目錄中，專業代碼以“105”開頭的專業均培養此類型碩士研究生。專業學位研究生主要集中在東塘校區集中授課，分散在各附屬醫院和非直屬附屬醫院培養。
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