廣州醫科大學面向港澳臺學生的招生包括港澳臺華僑聯考、臺灣學測生、香港免試生、澳門保送生等類型。港澳臺華僑聯考在第一批次招生。招生專業包括臨床醫學、麻醉學、醫學影像學、醫學檢驗技術、藥學、康復治療學、中西醫臨床醫學、預防醫學、護理學、口腔醫學、生物技術、食品質量與安全、生物醫學工程、法學、應用心理學、公共事業管理、市場營銷、兒科學、臨床藥學、精神醫學等20個專業。
2016年報考或填報我校的港澳臺學生明顯增多。目前,我校共招收了2名臺灣學測生、6名澳門保送生、7名港澳臺聯考生。香港免試生正在錄取當中。新生將在8月底報到,在廣州醫科大學開始新的學習生活。