肺結核臨床和X線表現可以酷似許多疾病，必須詳細搜集臨床及實驗室和輔助檢查資料，綜合分析，并根據需要選擇侵襲性診斷措施如纖維支氣管鏡采集微生物標本和活組織檢查。

1.肺癌

中央型肺癌常有痰中帶血，肺門附近有陰影，與肺門淋巴結結核相似。周圍型肺癌可呈球狀、分葉狀塊影，需與結核球鑒別。肺癌多見于40歲以上嗜煙男性，常無明顯毒性癥狀，多有刺激性咳嗽、胸痛及進行性消瘦。在X線胸片上結核球周圍可有衛星灶、鈣化，而肺癌病灶邊緣常有切跡、毛刺。胸部CT掃描對鑒別診斷常有幫助。結合痰結核菌、脫落細胞檢查及通過纖支鏡檢查與活檢等，常能及時鑒別。肺癌與肺結核可以并存，亦需注意發現。

2.肺炎

原發綜合征的肺門淋巴結結核不明顯或原發灶周圍存在大片滲出，病變波及整個肺葉并將肺門掩蓋時，以及繼發型肺結核主要表現為滲出性病變或干酪性肺炎時，需與肺炎特別是肺炎鏈球菌肺炎鑒別。細菌性肺炎起病急聚、高熱、寒戰、胸痛伴氣急，X線上病變常局限于一個肺葉或肺段，血白細胞總數及中性粒細胞增多，抗生素治療有效，可資鑒別；肺結核尚需注意與其他病原體肺炎進行鑒別，關鍵是病原學檢測有陽性證據。

3.肺膿腫

肺膿腫空洞多見于肺下葉，膿腫周圍的炎癥浸潤較嚴重，空洞內常有液平面。

肺結核空洞則多發生在肺上葉，空洞壁較薄，洞內很少有液平面或僅見淺液平。此外，肺膿腫起病較急，高熱，大量膿痰，痰中無結核菌，但有多種其他細菌，血白細胞總數及中性粒細胞增多，抗生素治療有效。慢性纖維空洞合并感染時易與慢性肺膿腫混淆，后者痰結核菌陰性，鑒別一般不難。

4.支氣管擴張

有慢性咳嗽、咳膿痰及反復咯血史，需與繼發型肺結核鑒別。X線胸片多無異常發現或僅見局部肺紋理增粗或卷發狀陰影，CT有助確診。應當警惕的是化膿性支氣管擴張癥可以并發結核感染，在細菌學檢測時應予顧及。

5.慢性支氣管炎

老年慢性支氣管炎癥狀酷似繼發型肺結核。近年來老年人肺結核的發病率增高，需認真鑒別，及時X線檢查和痰檢有助確診。

6.非結核分枝桿菌肺病

非結核分枝桿菌（NTM）指結核和麻風分枝桿菌以外的所有分枝桿菌，可引起各組織器官病變，其中NTM肺病臨床和X線表現類似肺結核。鑒別診斷依據菌種鑒定。